Hingga kini, tiada rekod sahih dijumpai boleh memberitahu siapakah ibu bapa Permaisauri Agung Mesir Purba ini. Para arkeologi mengusulkan bahawa Nefertiti mungkin seorang Puteri Mitanni.
Pada tahun keempat (1346 Sebelum Masihi) pemerintahan Amenhotep IV, beliau telah memulakan revolusi agama di Mesir yang menaikkan kemarahan pendeta-pendeta di situ. Amenhotep memperkenalkan tuhan Aten, iaitu tuhan matahari. Dengan memperkenalkan tuhan matahari ini, Amenhotep membuang semua kepercayaan tentang tuhan lain dan menyuruh rakyatnya menyembah satu tuhan sahaja - Aten. Amenhotep juga mengubah namanya kepada Akhenaten untuk menunjukkan ketaatannya kepada tuhan Aten.
Tarikh sebenar bila Nefertiti berkahwin dengan Amenhotep IV juga tidak dapat disahihkan oleh para arkeologi mesir purba, tetapi perkahwinan mereka dikurniakan enam cahaya mata perempuan (Yang diketahui berdasarkan rekod mesir purba). Berikut adalah senarai nama anak beliau;
1. Meritaten 2. Meketaten 3. Ankhsenpaaten, juga dikenali sebagai Anks-su-namun 4. Neferneferuaten Tasherit 5. Neferneferure 6. Setepenre .
Pada tahun ketujuh pemerintahan beliau, Akhenaten memindahkan pusat pemerintahan mesir dari Thebes ke Amarna, bandar baru Amarna di bina untuk mentaati tuhan baru mereka.
Perkembangan agama baru ini boleh dikatakan hasil usaha Nefertiti, bukan Akhenaten seorang. Ini membuktikan kuasa beliau yang gah dalam dunia politik Mesir Purba.
Semasa pemerintahan Akhenaten, Nefertiti dipercayai memegang kuasa yang lebih besar daripada kuasa seorang permaisuri. Kemungkinan besar, kedudukan beliau telah di naik taraf sehingga sama trafnya dengan pemerintah. Pemerintahan mesir purba pada zaman Firaun Akhenaten mungkin adalah pemerintahan bersama antara Akhenaten dan Nefertiti.
Ukiran gambaran beliau di dinding kuil kebanyakannya bersaiz sama dengan Akhenaten. Ini membuktikan kepentingan beliau dalam politik Mesir. Persamaan saiz itu menunjukkan bahawa beliau dan Akhenaten mempunyai kepentingan yang sama dalam Politik Mesir Purba.
Pada tahun keempat belas pemerintahan Akhenaten, rekod tentang Nefertiti lenyap begitu sahaja. Ada ahli arkeologi yang membuat teori bahawa Nefertiti mati disebabkan wabak penyakit yang melanda kawasan itu pada ketika itu. Ada juga teori yang mengatakan Nefertiti tidak lagi disukai oleh suaminya. Kerana rekod sejarah selepas itu menunjukkan bahawa Akhenaten banyak merujuk kepada isteri kedua beliau - Kia, yang juga ibu kepada Tutankhamun.
Teori yang paling menarik sekali adalah Nefertiti telah dibunuh oleh Pendeta Mesir Purba kerana memulakan Revolusi Agama di Amarna. Kepercayaan primitif tentang kematian pada zaman Mesir Purba adalah, apabila seseorang itu mati, nama beliau perlulah disebut supaya beliau boleh memulakan perjalanan pada dalam kehidupan selepas mati. Rekod tentang Nefertiti dihapuskan supaya tiada sesiapa yang akan menyebut namanya. Pendita itu mahu Nefertiti tersiksa pada kehidupan selepas mati.
x